Possiamo dividere i musulmani autoctoni in Europa in tre diversi tipi:
1) Gruppi primitivamente cristiani convertiti all'Islam.
2) Gruppi, principalmente turcofoni, fatti insediare dall'Impero Ottomano nel periodo del suo dominio.
3) Gruppi che avevano adottato l'Islam prima dell'arrivo ottomano.
Tradizionalmente si fa risalire la conversione (o l'apostasia, a seconda delle opinioni) di alcuni gruppi di europei, quali ad esempio albanesi o bosniaci, al periodo ottomano. Anche se è soprattutto in quel periodo che si ebbe la maggior parte delle adesioni all'Islam, non bisogna dimenticare che alcuni gruppi umani albanesi e bosniaci hanno nelle proprie credenze una leggenda che fa risalire la loro conversione a Sari Saltuk Baba, santo musulmano del XIII secolo molto venerato, anche in ambiente cristiano. In effetti questo santo, ed i turchi selgiuchidi che lo accompagnavano, fu colui che propagò l'Islam nelle steppe Nogay (Russia occidentale), in Romania, Tracia, ed in altri luoghi della penisola balcanica. Oltre all'opera di Sari Saltuk esistevano in Europa dell'est altre comunità musulmane (in special modo di lingua turca), arrivate in occidente dall'Asia centrale già nei secoli IX e X d.C.. Questi gruppi vennero assorbiti dalle popolazioni circostanti. Tutta la popolazione della Bosnia-Herzegovina parla serbo-croato. L'unico discrimine quindi tra le varie parti altro non sembra essere che quello religioso. Infatti avremo bosniaci serbi se osservano il cristianesimo ortodosso, bosniaci croati se osservano quello cattolico e bosniaci musulmani, senza altra specificazione se i parlanti serbo-croati della Bosnia sono credenti nell'Islam. Infatti prima della dissoluzione della Jugoslavia i bosniaci musulmani erano indicati come buona parte degli altri islamici come "Jugoslavi di nazionalità indeterminata". In effetti il concetto di nazionalità passava per il possesso di vari criteri, la religione e la lingua principalmente. Nel XIII secolo i bogomili di Bulgaria e di Rascia (Serbia) si rifugiarono nelle zone montuose della Bosnia. Con la conquista ottomana, si dice, che questi slavi bogomili di Bosnia, trovarono utile e favorevole passare in massa all'Islam. Nel 1981 i musulmani di Bosnia erano 1.630.000, cioè il 40% della popolazione totale di Bosnia. I musulmani nelle altre repubbliche della ex-Jugoslavia sono 353.000 (stime ufficiali del 1981). I Pomak, musulmani di lingua bulgara, sono circa 300.000. Insieme ai turchi in Bulgaria rappresentano circa il 10% della popolazione. Insieme ai turchi, dopo la caduta dell'oppressivo regime del dittatore Jivkov, i pomak hanno costituito il Movimento dei diritti e libertà dei turchi e musulmani, una formazione politica che ha riportato nelle elezioni del giugno 1990 un successo significativo. I Megleno-Rumeni sono un piccolissimo gruppo di lingua neolatina che vive da millenni sulle montagne del Pindo in Grecia. Sono stati islamizzati durante il periodo ottomano e durante il periodo della sovranità turca hanno prosperato dedicandosi principalmente al commercio. Non essendo riconosciuti come minoranza dal governo greco hanno il duplice problema di difendersi sia dall'assimilazione (i neolatini in Grecia sono equiparati agli altri cittadini ellenici, e quindi non possono avere mezzi di istruzione nella propria lingua) che dalla minaccia di perdere la propria religione. Molti megleno-rumeni furono oggetto degli scambi di popolazione tra Turchia e Grecia dopo il primo conflitto mondiale e vennero fatti insediare in Anatolia. Interessante è notare che i megleno-rumeni già nel periodo ottomano avevano la consapevolezza di essere discendenti dei romani. Il fiume Shkumbi divide idealmente gli Albanesi musulmani, i gheghi, dai toschi (albanesi ortodossi). I dialetti di questi due gruppi contribuiscono a formare una lingua comune. Una forte comunità di albanesi musulmani si trovava in Grecia (principalmente stanziati nell'Epiro meridionale) all'inizio del XX secolo. Furono duramente perseguitati durante la prima guerra mondiale e reagirano con una rivolta popolare repressa duramente del governo greco (1917). Facendoli passare per turchi, il governo greco, in base alla convenzione di Losanna ne espulse circa 60.000 in Turchia nel 1927. Coloro che rimasero in Grecia furono costretti ad emigrare in Turchia negli anni successivi a causa delle angherie e delle vessazioni. Attualmente gli albanesi musulmani in Grecia non superano le 40.000 unità (concentrate nella zona di Philates e Igoumenitsa). Non vedono riconosciuti i loro diritti.
